Het complex van de Visafslag Urk bv is gebaseerd op een weldoordachte logistiek verwerking van de vis in het totale veilproces. Door deze logistiek is het mogelijk om grote hoeveelheden vis in hoge snelheid gereed te maken voor de verkoop. Koelwagens lossen hun vracht via de dockshelters aan de westzijde van het complex en worden in de gekoelde sorteerhal neergezet.   De kisten vis worden vervolgens op soort en maat gesorteerd. De sorteerders werken de partijen af, waarna de heftruck de vis oppakt en deze, na weging, in oostelijke richting in de geconditioneerde koelcellen plaatst. Tijdens de veildagen fungeren deze cellen tevens als schouwruimten voor de kopers. Wanneer de vis is verkocht, verdwijnt deze via de oostelijke uitgang van de koelcellen naar de voor de dockshelters gereedstaande koelwagens. Speciaal voor kleinere vervoerders is er een aparte laadruimte ingericht, waar met hefplateaus wordt gewerkt, om ook daar garant te staan voor een snelle afvoer van de gekoelde vis.

Dit logistiek proces kent ook een milieubewuste aanpak. Het distributietraject tussen lossen en laden van de vis is zodanig opgezet dat met name de koeling, een flinke energiebesparing oplevert. Bovendien voorkomt het gebruik van elektrisch aangedreven vorkheftrucks zowel temperatuurschommelingen als uitstoot van schadelijke gassen.

In tegengestelde richting van de afvoer beweegt zich de fuststroom. Aan de oostzijde wordt het fust afgegeven en vervolgens in de spoelmachine met behulp van hogedruk gereinigd, zonder gebruik van warmte of chemicaliën. Daarna worden de schone kisten aan de westzijde opgeslagen of uitgegeven.
 

Dezelfde logistiek structuur van de aan- en afvoer van de vis, vertaalt zich ook in het kantorencomplex: aan de westkant de ruimte voor de sorteerders en aan de oostkant de mijnzaal en kantoren voor de relaties.